В 1959 г. под руководством Алекперова Чингиса Кулиевича стали именоваться линейной амбулаторией, появились впервые машина скорой помощи, регистратура, амбулаторные карточки. Получила развитие рентгенологическая служба. В этом же году началось строительство больницы, был введен в строй корпус, где сейчас находится диагностическое отделение,

В мае 1960 года линейная амбулатория стала называется НБСБО-16, с главным врачом Куренковой Полиной Николаевной. Постепенно расширялась материально-техническая база, обновлялись оборудование, инвентарь, расширялся штат работников.

В 1980 г. построили четырехэтажное здание. Окончание строительства больницы завершилось в 1987 году. С этого времени в работе лечебного учреждения началась новая эпоха.

Возможность пролечиться в больнице имеют не только транспортники, но и пациенты из Костаная и районов области, не имеющие к железной дороге профессиональной привязки.

Ежеквартально, по графику согласованному с руководством отделения дороги, осуществляется выезд врачебной бригады на линию для осмотра железнодорожников и членов их семей согласно Приказа Министра здравоохранения Республики Казахстан от 17 мая 2006 года № 220 «Об утверждении Правил медицинского осмотра работников, непосредственно связанных с движением поездов на железнодорожном транспорте Республики Казахстан» и Приказа Министра здравоохранения Республики Казахстан от 12 марта 2004 года N 243 «Об утверждении Перечня вредных производственных факторов, профессий, при которых обязательны предварительные и периодические медицинские осмотры и Инструкции по проведению обязательных предварительных и периодических медицинских осмотров работников, подвергающихся воздействию вредных, опасных и неблагоприятных производственных факторов».

В 2009 году Костанайская железнодорожная больница вошла в состав АО «Железнодорожные госпитали медицины катастроф» находящиеся в ведении Министерства по чрезвычайным ситуациям Республики Казахстан и стала именоваться Костанайским филиалом АО «Железнодорожные госпитали медицины катастроф». Каждый филиал представлял собой лечебно-диагностический комплекс, в составе которого функционируют стационар, поликлиника, фельдшерские пункты, медпункты, здравпункты, пункты предрейсового и предсменного медицинского осмотра, вспомогательные подразделения.

С апреля 2018 года в рамках государственной программы приватизации, 100% доля государства в уставном капитале акционерного общества была передана в частные руки. Больница приняла статус ТОО.

Мы всегда готовы предоставить эффективную и своевременную помощь. Наша цель - вернуть человека к здоровой, счастливой и полноценной жизни.